Tuy nhiên, trong những năm gần đây hệ sinh thái trong vịnh đã bị suy giảm nghiêm trọng. Đặc biệt là rạn san hô tại khu vực Hòn Mun bị tẩy trắng khiến nhiều loài sinh vật biển vắng bóng. xoso66.ios